Zabiegi balneoterapii często są mylone z hydroterapią, której zalety oferuje większość placówek medycznych i SPA z basenem czy bazą zabiegową, wyposażoną w wanny do kąpieli zdrowotnych. Tymczasem balneoterapia wykonywana jest w uzdrowiskach – tylko tu bowiem wykorzystuje się naturalne surowce lecznicze, niezbędne w zabiegach balneoterapii.